在越狱第二季中，这个故事继续关注迈克尔·斯科菲尔德，他的哥哥和其他逃犯，他们试图甩掉当局的追踪。成功越狱后，迈克尔和林肯·布利恒经常在前7集里一起出镜。为完成各自目标兄弟俩在短暂的分开后迈克尔和林肯再次一起逃亡。当他们在林肯的儿子LJ审判前电梯拯救计划失败后，他们决定前往犹他州寻找Westmoreland隐藏的钱。在那里，他们遇到了其他四个逃犯： Sucre， C-Note， T-Bag和Tweener。
本季的第七集《Buried》标志着第一次林肯和迈克尔分开，当LJ从监狱释放，林肯决定照顾他的儿子去。T-Bag耍诡计偷走钱使迈克尔空手而回。迈克尔计划与郊狼在'Bolshoi Booze'的位置碰头。迈克尔请求Sara一同前往巴拿马，Sara婉拒了。在沙漠中郊狼告诉迈克尔前往墨西哥轻型飞机的位置。迈克尔，林肯，苏克雷和他的父亲Aldo Burrows再次相聚。 当父亲Aldo Burrows死于亚历山大·马洪（Mahone）枪下，迈克尔和林肯决定对抗company及其阴谋，苏克雷则登上了前往墨西哥的飞机。兄弟俩在被Mahone短暂的抓获后被前叛变特工Paul Kellerman营救。
Kellerman带兄弟俩找到了被林肯‘杀死’的副总统弟弟Terrence Steadman。然而Steadman的自杀逼迫Michael，Lincoln和Kellerman不得不找到Sara用她父亲的钥匙打开雪茄俱乐部的锁揭开Company 的阴谋。Sara加入后，他们一同前往Chicago，Sara父亲藏秘密的地方，一路上Sara向Michael表达了爱意，在同一集里Michael也表达了同样的感觉。 在前Fox River典狱长Henry Pope的帮助下Michael和Sara成功的取得了Frank Tancredi私人柜子里的U盘，并且甩掉了万恶的Kellerman。因为U盘里录音的时间无法确认，他们很快发现录音不能作为法庭证据洗脱Lincoln罪名。他们决定敲诈Reynolds总统。失败后，兄弟俩被迫乘船逃亡巴拿马，Sara在港口被捕。
在发现T-bag也在Panama城中，Michael成功的抓住了他。然而Michael带着Westmoreland 的钱回到船上是发现Lincoln不见了，他接到了Mahone的电话，要求用船和钱交换Lincoln的命。Michael智取Mahone并救走Lincoln。在他的新船上与Sara相聚，她告诉他们Lincoln因为Kellerman的证明得以昭雪。
短暂的幸福时光后，Agent Kim找到他们威胁杀死Lincoln和把Michael送进Sona监狱，Sara不得已枪杀了Kim。在被当地警察重重包围后，Michael与Sara相互表白，Michael担下杀人的罪名投降。Michael被幽禁于Sona Federal Penitentiary。在此Michael是Fox River八名逃犯中第5个抓捕归案的，并且是第二个被捕逃犯中still alive的。